硝酸纖維素膜（NC膜）是蛋白印跡實驗的標(biāo)準(zhǔn)固相支持物。在低離子轉(zhuǎn)移緩沖液的環(huán)境下，大多數(shù)帶負電荷的蛋白質(zhì)會與硝酸纖維素膜發(fā)生疏水作用而高親和力的結(jié)合在一起，雖然這其中的機制還不是十分清楚，但由于硝酸纖維素膜（NC膜）的這個特性，而且易于封閉非特異性結(jié)合，從而得到了廣泛的應(yīng)用。

在非離子型的去污劑作用下，結(jié)合的蛋白還可以被洗脫下來。根據(jù)被轉(zhuǎn)移的蛋白分子量大小，要選擇不同孔徑的硝酸纖維素膜（NC膜）。因為隨著膜孔徑的不斷減小，膜對低分子量蛋白的結(jié)合就越牢固。但是膜孔徑如果小于0.1mm，蛋白的轉(zhuǎn)移就很難進行了。

從膜的質(zhì)地上來看，最重要的指標(biāo)就是單位面積上能夠結(jié)合的蛋白的量。硝酸纖維素膜（NC膜）的結(jié)合能力主要與膜的硝酸纖維素的純度有關(guān)，市場上有些硝酸纖維素膜（NC膜）通常會還有大量的醋酸纖維素，因而降低了蛋白的結(jié)合量。如果采用的是100%純度的硝酸纖維素， 保證了最大的蛋白結(jié)合量，可達80-150μg/cm2。由于100%的純度，因而也大大減少了非特異性的結(jié)合，降低雜交背景，無需高嚴謹度的洗脫步驟。其次，膜的強度和韌性也是需要考慮的因素。常規(guī)的硝酸纖維素膜比較脆，漂洗一兩次就會破損，不能反復(fù)使用。

回收PVDF膜即聚偏二氟乙烯膜（polyvinylidene fluoride）是蛋白質(zhì)印跡法中常用的一種固相支持物。PVDF本質(zhì)是一種疏水性的聚合物，在水溶液中不會浸濕，為了在水性緩沖液和系統(tǒng)中使用PVDF膜，首先必須將其浸泡在50%（v/v）或更高濃度的醇溶液中。（PVDF膜在使用時需預(yù)處理，用甲醇處理的目的是活化膜上的正電基團，使其更容易與帶負電的蛋白結(jié)合。）甲醇、乙醇和異丙醇都適合浸泡這種膜。隨著膜的外觀從不透明到半透明，完全浸濕是顯而易見的。之后必須用水反復(fù)沖洗以去除醇類，經(jīng)預(yù)處理的膜可以直接放入轉(zhuǎn)印緩沖液中平衡。

一旦膜被浸濕，蛋白結(jié)合可通過蛋白與膜的接觸而實現(xiàn)。由于蛋白與膜的結(jié)合貫穿整個膜的厚度（深度），結(jié)合能力是由孔的內(nèi)部表面積來決定的，隨著膜孔徑的不斷減小，膜對低分子量的蛋白結(jié)合就越牢固。0.2um PVDF膜內(nèi)部表面積大約是0.45um PVDF 膜的三倍，使其吸附能力更高。PVDF膜是疏水性的，一般大于20kD的蛋白就可以用0.45μm的膜，小于20kD的蛋白就要用0.2μm的膜。